Das Museum ist in einem denkmalgeschützten Gebäude untergebracht, das um 1685 als Wohnhaus errichtet worden war. Um das seit den 1990er Jahren vernachlässigte Gebäude vor dem Verfall zu retten, gründete sich im Jahr 2007 der Förderverein „Freunde und Förderer Haus der Natur/Meisdorf e.V.“. Er engagierte sich für die Restaurierung des Hauses und seiner Umwidmung in ein naturwissenschaftliches Zentrum. Im Erdgeschoss können sich die Besucherinnen und Besucher mittlerweile über die Evolution der Lebewesen auf der Erde sowie über die geologischen Besonderheiten des Harzgebirges informieren. Das Highlight ist eine Sammlung zahlreicher Gehäuse von Meeresbewohnern aus der Tertiärzeit und aus der Zeitenwende Tertiär/Quartär. Wer mehr wissen will, kann unter Anleitung in zwei Magazinräumen direkt mit der Sammlung arbeiten. Im Obergeschoss befinden sich eine Bibliothek und ein Vortragsraum. Das Museum möchte Kinder und Erwachsene zum Nachdenken über die Vielfalt des Lebens und das Wunder seiner Entstehung anregen, ein Bewusstsein schaffen für die geologischen Besonderheiten des Harzgebirges und seiner biologischen Artenvielfalt und damit einen Beitrag leisten zum Schutz der Umwelt.

Um den erhöhten Brandschutzauflagen gerecht zu werden, wurden aus den Mitteln des Soforthilfeprogramms Brandschutztüren eingebaut und ein behindertengerechter Fluchtweg geschaffen.